治疗灰指甲期间怀孕了有影响。因为灰指甲属于真菌感染，需要使用抗真菌的药物，但是长期使用容易引起肝、肾功能受损，还容易影响胎儿发育，但是不能确定对胎儿影响的严重程度。

如果想保留宝宝最好定期产检，建议在怀孕1620周做唐氏筛查，在孕期26周左右做四维彩超检查才可以确定胎儿发育情况。如果胎儿发育正常就不用担心，要加强营养，吃含蛋白质丰富的食物，同时孕早期应补充叶酸，预防胎儿神经管发育畸形，备孕期不要乱吃药物，也不能接触X射线。

如果有灰指甲应及时治疗，治愈后才可以怀孕，但是用抗真菌药物期间应定期抽血检查肝、肾功能。