甲状舌管囊肿术后并发症主要是感染和复发感染，就是伤口反复愈合不了，不能一期无菌愈合。反复感染通过不断换药，局部换药来刺激新鲜肉芽生长，让它重新长出新鲜创面。复发就是当甲状舌管囊肿瘘道，或者舌管没有完全切干净的时候，就很容易再复发，需要再次手术，完整的把它切掉，才能防止以后复发。

甲状舌管囊肿感染期不做手术，需要先把这些感染病灶，利用抗生素消炎药把红、肿、热、痛症状去掉，等到炎症消失之后，再进行手术切除。因为感染期时候创面比较大，再一个术后不容易愈合，而且侵犯周围组织也会比较多。