急性扁桃体炎并发症的危害往往大于急性扁桃体炎本身，由于抗生素的应用，其并发症也明显减少。

第一、并发症有局部并发症较多见，为急性炎症直接侵犯邻近组织所致。包括颈深部感染，最常见为扁桃体周脓肿，也可引起咽喉脓肿以及咽旁脓肿。急性扁桃体炎向上蔓延可引起急性中耳炎、急性鼻炎以及鼻窦炎，向下可引起急性喉气管炎、急性支气管炎，甚至可引起肺炎、颈内静脉血栓性静脉炎。

第二、全身并发症，目前一般认为全身并发症的发生与各靶器官对链球菌所产生的Ⅰ型变态反应有关。

1、急性关节炎，常侵犯肩、肘、膝关节，小关节受累较少。

2、风湿热，其症状在急性扁桃体炎发作后1-3周出现。

3、循环系统疾病，可引起急性心包炎、急性心内膜炎、急性心肌炎或者急性全心脏炎。在急性扁桃体炎出现风湿热者，心脏并发症尤为多见。

4、急性肾炎，多在急性扁桃体炎后2-3周出现，还可并发急性尿道炎、急性睾丸炎及附睾炎。

5、其他，包括脓肿、脓毒血症、亚急性甲状腺炎、急性腹膜炎、急性阑尾炎以及急性胆囊炎等。