肛瘘手术不是一定必须切除瘘管，因为肛瘘的手术方法有很多，只有肛瘘切除术才要求在手术中将瘘管全部切除。而其他肛瘘手术方式就不一定要将瘘管全部切除，例如临床常常采用的肛瘘切开术，就只需要将瘘管切开就可以，切开后让瘘管里面的腐肉组织慢慢脱落，然后正常组织再慢慢生长，这种情况不需要切除瘘管。

对于高位肛瘘而言，也无法全部切除瘘管，因为如果全部切除瘘管有可能造成肛门失禁，对于高位肛瘘而言，采取的方法是低位瘘管切开，而高位瘘管需要挂线，因此在肛瘘手术过程中并不是一定要切除瘘管，是根据不同的手术方式进行决定。