小儿隐匿性阴茎主要是手术治疗，但是具体手术时间不统一，有人认为随着小孩阴茎发育可以自愈，可推迟到青春期以后再做手术，也有人认为只要诊断明确，应尽早手术。另外在临床上家属一般是愿意早点手术，一是担心小孩子阴茎发育影响以后生长发育，还有性功能；

另外小孩子长大后对性别有意识，阴茎特别短小，平时不敢同他人们一起解小便，影响心理发育，所以只要是诊断明确，合并包茎或者排尿困难，应尽早手术，建议在学龄前期，也就是3-5岁。

因为年龄越小，手术风险越大，而3-5岁以后，手术耐受力一般没问题。对于先天性隐匿性阴茎以手术治疗为主。后天性隐匿性阴茎，见于肥胖性儿童，以督促患儿减肥为主，注意卫生，定期复查。