舌下腺囊肿治疗就是采用手术摘除舌下腺的方法。如果囊肿不足够大，可以在口内作切口，把囊肿摘除。由于舌下腺患者口底部病变，所以手术方法要根据囊肿范围大小来定。手术过程是在舌下皱襞外侧沿导管走行方向，由前向后作弧形切口，用弯止血钳插入切口进行钝性分离，使舌下腺和囊肿显露出来。

当舌下腺显露之后，逐渐分离组织使它游离，最终完整摘除舌下腺和囊肿。切除组织后用生理盐水冲洗创口、止血，最后缝合口底黏膜切口，然后放置引流条。如果囊肿范围比较大，甚至波及到其他部位，需要在患者颌下作切口将囊肿进行摘除。