含牙囊肿术式种类较多。若囊肿较小，可一次将牙齿拔掉后，清除全部囊肿。若囊肿较大，可行袋形术，将囊肿开窗减压，让囊肿里的囊液能够持续排出，不至于淤积到里面。

减压后颌骨可逐渐再生，囊腔逐渐变小。如果术后还有一些残留，可以做一个很小的手术把残留的囊肿清除掉。通常袋形术治疗周期较长，有的时候需要0.5-2年。