扁桃体炎症治疗最有效的药物是抗生素，首选抗生素是青霉素类抗生素，临床中常用头孢菌素类抗生素等。扁桃体急性炎症主要是由细菌感染所引起，最主要致病菌是链球菌，混合其他多种细菌和病毒感染。

青霉素类抗生素或头孢菌素类抗生素均能有效杀灭常见致病菌，在根本上改善扁桃体炎症所引起的咽喉部疼痛感、灼热感等症状，改善相应畏寒、发热等全身不适症状。使用抗生素的同时，联合使用清热解毒的中成药物，对症状改善也很有效，可以使用蒲地蓝口服液、牛黄解毒片、六神丸等。