特比萘芬可以用来治疗灰指甲，灰指甲也就是甲真菌病，是由于真菌感染而引起来的指甲损伤。特比萘芬属于治疗真菌感染的有效口服药物，所以特比萘芬可以用来治疗灰指甲，外用药物一般很难渗透。

对于甲真菌病较为广泛超过半个指甲者，都是给予口服抗真菌药物治疗，比如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑都可以口服。手指甲需要连续用药3个月以上，而脚趾甲需要连续使用药物4个月以上。由于抗真菌药物多数是经过肝脏代谢的，在服用药物期间需要定期检查肝功能，避免饮酒，对于肝功能异常者需要根据肝功能的情况调整用药。