肛瘘一旦确诊，唯一的办法是通过手术治疗。肛门里面大约1.5cm左右的肠壁上的一个腺体，称为肛窦，肛窦感染导致肛周脓肿。脓肿破溃或者炎症消退一些之后会形成管道，称之为肛瘘。

临床常见表现是肛门外有一个小孔，它在流脓，称之为外口。但是疾病的根源在于肛门里面肠壁上感染的腺体，一旦感染，相当于肠壁上有一个小洞，如果里面的小洞，即内口不处理，肛瘘会反复发作。目前任何的药物都无法让内口自行的愈合，所以一旦确诊是肛瘘，都需要到正规的肛肠专科进行检查，通过手术进行治疗。