胆汁反流和反流性食管炎属于两类疾病，反流性食管炎由于贲门口松弛，导致胃酸通过贲门口反流至食管，进而引起食管出现烧灼感；胆汁反流指胆汁由十二指肠通过幽门口反流至胃内。因此二者的发病机制不同，反流性食管炎损害胃黏膜和食管黏膜的物质为胃酸，而胆汁反流性胃炎损害胃黏膜和食管黏膜的物质为胆汁。

但胆汁反流如突破贲门口反流至食管，也会引起与反流性食管炎同样的食管黏膜损害，且两者镜下表现一致。