支气管镜检查的副作用主要是：
1、有可能会引起误吸，因为做支气管镜要通过声门，同时会局部用麻药，有些病人有可能出现胃液反流吸入气管导致肺部感染；
2、如果做支气管镜的人，手法不是特别熟练，病人的呛咳反射比较严重，支气管镜通过声门的时候有可能对声门造成损伤。因此有一部分的人做完支气管镜有一段时间声音会沙哑；
3、术后操作，比如有些治疗或者活检以后出现的支气管腔内出血，甚至比较严重的会出现血块阻塞导致窒息；
4、腔内做激光治疗，甚至有可能导致支气管瘘，甚至穿孔的情况，但是发生的概率已经非常低。现在一般做常规的支气管镜检查的副作用，病人主要觉得不舒服，无非是呛咳，有时候会有咽反射，有恶心的感觉，但一般都比较轻。
