肛门尖锐湿疣可用药物治疗，如果发生单发、孤立、比较小，可用药物治疗。药物起到腐蚀疣体的作用，比如鬼臼毒素、三氯醋酸或尤脱欣等药物。

但使用药物时一定要把正常的皮肤黏膜保护好，可用医用胶布把疣体周围粘上，只把疣体露出来，然后再使用。

因为化学性的腐蚀性药物都是液体状，如果不保护正常黏膜，液体状的腐蚀剂就会把正常的皮肤黏膜腐蚀，腐蚀后皮肤黏膜破损病毒就会重新在破损的黏膜上形成人为种植。如果是膏状的药物不具备流动性，单纯腐蚀疣体也可用。