在冠状沟部位出现尖锐湿疣，与在其他部位出现尖锐湿疣在治疗上并没有区别。一般采用物理治疗、外涂药物或者在疣体基底部进行注射的方法，使疣体坏死脱落。

常用的物理治疗方法比如激光、冷冻、光动力；常用的外涂药物比如鬼臼毒素酊、咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏；常用的在疣体基底部进行注射的是干扰素。等疣体脱落以后，需要再应用干扰素进行肌肉注射，清除体内的HPV病毒。

患者可以口服中药或者西药调节自身的免疫抵抗力。如果患者发生冠状沟珍珠疹，也就是假性尖锐湿疣，是不需要进行治疗的。