房间隔缺损的临床表现分3个期来讲，婴儿期、儿童期和成年期。婴儿期的房间隔缺损大多无症状，由常规的体格检查闻及心脏病理性杂音而发现此病；

儿童期可表现为乏力、活动后气促，大分流量病例可引体循环血量不足而影响发育，患儿体格较小、消瘦、乏力、多汗和活动后气促，并因肺循环充血而易患支气管炎或肺炎，当哭闹患肺炎或心力衰竭时，右心房压力可超过左心房，出现暂时性右向左分流而呈现青紫；在成年期可能发生心力衰竭和持续的发绀。