急性化脓性扁桃体炎比较常见的致病菌是革兰阳性菌，例如葡萄球菌、链球菌等。所以急性化脓性扁桃体炎在治疗药物选择上可以首选青霉素类的药物，例如阿莫西林来进行治疗。如果效果不理想可以换用头孢菌素类的抗感染药物，选择口服或静脉治疗。

如果已经出现局部脓肿，可以静脉输注第三代头孢菌素类药物，同时合用抗厌氧菌的甲硝唑来进行治疗，或单独使用喹诺酮类的抗生素进行治疗。扁桃体周围脓肿可以考虑进行穿刺或切开排脓治疗，急性化脓性扁桃体炎还要同时给予对症退烧的治疗，以及局部漱口等治疗。