肛门上面的直肠持续隐隐作痛与多种因素有关，主要考虑有肛门肿物、肛周炎症、肛周直肠外伤、痔疮、肠道功能紊乱等，不同疾病的临床表现不同，建议根据病因采取适宜的治疗方法。
1、肛门肿物：肛门上面的直肠持续隐隐作痛主要考虑是由于高脂饮食、肠道微生态失衡等问题，导致直肠出现巨大息肉、直肠癌，可能会有便血、直肠疼痛。建议及时进行肿物切除术，如Miles手术、内镜下黏膜剥离术等；
2、肛周炎症：主要是由于病原微生物引起肛周感染，炎症刺激肛周黏膜，从而出现肛门上面的直肠持续隐隐作痛的表现，可伴有发热、腹泻、便秘等症状，常见于肛周脓肿、肛瘘等疾病。建议及时控制感染，可遵医嘱给予抗生素，如甲硝唑、诺氟沙星等，以缓解局部疼痛症状，严重时建议及时前往医院进行肛周脓肿切开引流术、肛瘘切除术等以促进恢复；
3、肛周直肠外伤：主要包括肛门裂伤、异物创伤、手术损伤等，从而出现肛门上面的直肠持续隐隐作痛的表现。病人还可伴有瘙痒、便血的表现。建议及时进行手术修补，并遵医嘱给予头孢拉定、左氧氟沙星等抗菌药物进行抗感染治疗。另外，若出血较多，建议及时进行止血，并予以抗休克治疗；
4、痔疮：主要是由于血管血栓形成后，痔疮刺激直肠，从而出现肛门上面的直肠持续隐隐作痛的表现，可伴有便血。在早期可采取保守治疗，建议遵医嘱给予痔疮膏进行治疗。若痔疮不能缓解，建议及时进行痔疮切除术、内镜下痔疮硬化剂注射等方法进行治疗；
5、肠道功能紊乱：如肠易激综合征，可能是暴饮暴食、焦虑情绪等导致脑肠轴异常，肠道菌群失调导致大便刺激直肠，从而出现肛门上面的直肠持续隐隐作痛的表现，可伴有疼痛、便秘、腹泻等表现。可以应用解痉类药物，如匹维溴铵片、颠茄片等，以改善局部症状。