长期腹泻首先要通过肠镜排除或通过实验室化验排除肠道持续性改变，如果无持续性改变，单纯胃肠功能紊乱引起慢性腹泻，这种患者首先避免进食辛辣、油炸或刺激性食物，减少肠道易激惹。

临床采用针灸治疗慢性腹泻，效果较好。一般选用手阳明大肠经穴位，除手阳明大肠经穴位还可以选大肠特定穴位，如大肠原穴合谷，大肠下合穴下巨虚，大肠背部背俞穴、大肠俞及大肠募穴天枢，通过刺激穴位达到调节胃肠、止泻作用。临床治疗效果较好，无任何副作用。