小柴胡舒肝丸在临床上一般指的是柴胡舒肝丸，复方血栓通一般是指复方血栓通类药物，包括复方血栓通片、复方血栓通滴丸等，柴胡舒肝丸能和复方血栓通类药物一起喝，但具体药物需要咨询专业的医生。
柴胡舒肝丸和复方血栓通类药物都属于中成药制剂，柴胡舒肝丸通常是由茯苓、枳壳(炒)、豆蔻、白芍(酒炒)、甘草等中药材组成，复方血栓通类药物通常是由丹参、玄参、三七、黄芪等中药材组成。柴胡舒肝丸和复方血栓通类药物能一起喝，这些药物成分之间没有配伍禁忌，服用以后不会降低药效，也不会影响到疾病的治疗效果，而且对身体健康一般也没有不良影响。
此外，柴胡舒肝丸具有疏肝理气，消胀止痛的功效，可以用于治疗肝气不舒引起的胸胁痞闷、食滞不清、呕吐酸水等症状。复方血栓通类药物不仅可以达到活血化瘀的功效，还可以达到益气养阴的作用，可以用于治疗血瘀兼气阴两虚证的视网膜静脉阻塞，症状一般有神疲乏力、视觉异常等症状。
