颞下颌关节不同于身体的其他关节，铰链和滑动运动的结合使这个关节成为身体中最复杂的关节之一。由于其复杂的运动和独特的组成，下颌关节及其控制肌肉在出现问题时，可能会对患者和医生构成巨大的挑战。也正是因为这种复杂性，目前为止，并未真正找到关节紊乱的病因，而是与很多因素相关，包括合因素、肌功能紊乱、精神心理因素、创伤因素、关节负荷过重（夜磨牙、白天紧咬牙、炎症免疫等）、关节解剖因素、其他（寒冷刺激、不良姿势、不良习惯）等。
对于一些颞下颌关节紊乱的患者，咬合创伤或者关节创伤起到了一定的作用。但对于大多数关节和肌肉的问题，研究者们并不知道原因所在。因为这个疾病更多的存在于女性中间，科学家努力寻找颞下颌关节紊乱和女性激素的关系。对于大多数人而言，症状的出现好像没有很明显的原因。研究者们并不支持不好的咬合或者正畸牙套，可以引起颞下颌关节紊乱这一常见的观点。
