病变首先发生在肠壁的集合淋巴组织和孤立淋巴滤泡,呈充血、水肿,以致渗出性病变逐渐加重,常常伴有干酪样坏死。
肠黏膜因坏死脱落,形成小溃疡,并逐渐融合增大,出现边缘不规则的浅性溃疡。其深浅不一,基底部可以达到肌层或者浆膜层,并可累及周围的腹膜,或邻近的肠系膜淋巴结,引起局限性结核性腹膜炎,或者肠系膜淋巴结结核。因病变发展较慢,常与附近的肠外组织发生粘连,因此急性穿孔少见。
慢性穿孔多形成腹腔脓肿或者肠瘘。肠黏膜组织遭受严重破坏后,有大量的纤维组织增生,与瘢痕组织形成,从而引起不同程度的肠腔狭窄,但引起肠梗阻者比较少。由于血管闭塞性内膜炎,而使血管管壁增厚、内腔狭窄闭塞,故结核性溃疡大出血少见。肠镜下典型的肠结核溃疡,呈环形分布,溃疡可融合,但融合后仍呈环形,可出现环周性巨大溃疡。溃疡深浅不一,边缘不规则,表面附有白色或者黄白苔。