疟疾是比较常见的疾病。全球大部分热带地区都有发生，恶性疟原虫引起的疾病负担最大，其次是间日疟原虫。恶性疟原虫主要分布于撒哈拉以南非洲、新几内亚、伊斯帕尼奥拉岛(海地和多米尼加共和国)；间日疟原虫则更常见于美洲和西太平洋地区。在印度次大陆、东亚和大洋洲，恶性疟原虫和间日疟原虫的流行程度大致相同。

三日疟原虫不常见，但在大部分流行地区都存在，尤其是撒哈拉以南非洲地区。卵形疟原虫较少见，尤其是在非洲以外地区更罕见，占比不到1%。研究者通过分子学方法在马来西亚、菲律宾、泰国和缅甸发现了诺氏疟原虫，形态与三日疟原虫相似。

中国自2016年8月以来未发现一起本土感染的疟疾病例。目前防控重点均为输入型病历。