宝宝后半夜摇头、蹬腿、频繁夜醒，可能是由于缺钙、环境不适宜、喂养不当等因素引起。

1、缺钙：如果宝宝缺钙，会导致其神经兴奋性增高，从而出现后半夜摇头、蹬腿、频繁夜醒，还伴有哭闹、出虚汗等表现。建议家长在医生指导下及时给宝宝补充钙剂或维生素D滴剂，同时还可以多晒太阳来帮助机体合成维生素D，促进钙的吸收从而在一定程度上缓解此类情况；

2、环境不适宜：如果室内太热、太冷、太嘈杂，可能导致宝宝睡得不舒服而出现摇头、蹬腿等动作。若环境声音太太还可能吵醒宝宝。建议家长要多注意调整室内的温度，保持睡眠环境安静，让宝宝拥有舒适的睡眠环境；

3、喂养不当：如果喂养不当，导致宝宝过饥、过饱等，都可能导致胃肠道不适，也会使得宝宝出现后半夜摇头、蹬腿、频繁夜醒的现象。建议家长应规范喂养宝宝，避免宝宝过饥或过饱从而缓解此类情况。

因此当宝宝出现上述症状时，建议家长及时带宝宝前往医院的小儿内科就诊。明确病因后，进行对应的治疗。