生殖器溃疡治疗前要首先明确诊断，找到引起生殖器溃疡的病因，然后针对相关原发病进行积极治疗。

1、生殖器疱疹：常用药物有阿昔洛韦或伐昔洛韦。如果是初发生殖器疱疹，疗程为7～10天；复发性生殖器疱疹疗程为5天。频发复发者则需以较低的剂量服用较长疗程(4个月-1年)。

2、梅毒：以青霉素治疗为主，用药要尽早、足量、规范。在首剂治疗过程中由于大量密螺旋体被杀灭，释放异体蛋白质，可能导致头痛、发热、肌肉痛等反应，这种反应称之为吉海反应，可在治疗前3天口服小剂量强的松片3天预防该反应的发生。驱梅治疗的抗生素在血液和脑脊液中需达到一定的水平才能有效地治疗梅毒。

3、软下疳：以药物治疗为主，原则上应根据药敏试验结果选择敏感抗生素进行治疗。常用药物有头孢曲松、环丙沙星、红霉素、阿奇霉素等。

4、白塞病：可以应用双氯芬酸、塞来昔布等非甾体类抗炎药消炎止痛，同时配合秋水仙碱、沙利度胺等药物予以治疗。