单纯疱疹病毒感染的并发症有继发性感染疾病、直肠炎症、新生儿疱疹、社会心理影响。
1、继发性感染疾病：在免疫力低下的人群中，例如晚期HIV感染者，HSV-1的症状可能更严重，复发频率也更高。另外HSV-1感染更有可能会导致严重继发性感染的并发症出现，如脑炎、角膜炎等。
2、直肠炎症：生殖器或肛门疱疹，可通过逆行性感染引起直肠内膜发炎，尤其是在与男性与男性发生性关系中。
3、新生儿疱疹：当婴儿在分娩过程中暴露于生殖道的HSV（HSV-1或HSV-2）时，可能会发生新生儿疱疹。新生儿疱疹很少见，全球每10万例分娩中就有10例发生，但这种情况很严重，可能导致持续的神经系统残疾或死亡。
4、社会心理影响：口腔疱疹的反复发作症状可能会影响患者正常饮食习惯，对于生殖器单纯疱疹感染，可能导致一些社会污名和心理困扰，另外还可能对生活质量和性关系产生不良影响。
