肠结核需要与克罗恩病、右侧结肠癌、溃疡性结肠炎、阿米巴病或血吸虫病性肉芽肿鉴别。

1、克罗恩病：不伴肺结核或其他肠外结核病变，病情呈缓解和复发交替；粪便反复检查找不到结核杆菌；X线病变主要发生在回肠末端，呈节段性分布；出现并发症较肠结核更为常见；抗结核治疗无效，手术切除标本找不到结核证据。可通过以上鉴别诊断。

2、右侧结肠癌：本病常见40岁以上人群，病程呈进行性发展，贫血、消瘦较明显，一般无结核毒血症表现，X线气钡双重造影时，可见结肠充盈缺损，肠腔狭窄和黏膜破坏。病变范围较局限，血清癌胚抗原含量可增高，结肠镜检查及活检较易确诊。

3、溃疡性结肠炎：本病腹痛较轻，以左下腹为主，病变主要位于乙状结肠和直肠，肠道黏膜主要表现为弥漫性炎症。通过体格检查等可鉴别。

4、阿米巴病或血吸虫病性肉芽肿：本病既往有相应感染病史，无结核病史，脓血便常见，粪便常规或孵化检查可发现有关病原体，结肠镜检查多有助于鉴别诊断。相应特效治疗有效，抗结核治疗无效。