肠结核的并发症有肠梗阻、肠穿孔、结核性腹膜炎。
1、肠梗阻：是本病最常见的并发症，主要发生在增生型肠结核，往往系肠壁环状狭窄或腹膜粘连、肠系膜孪缩、肠襻扭曲变形引起。梗阻多呈慢性进行性，以不完全性肠梗阻多见，轻重不一，少数可发展为完全性肠梗阻。主要症状是腹痛、呕吐、腹胀、排气及排便停止等。
2、肠穿孔：主要为亚急性及慢性穿孔，可在腹腔内形成脓肿，破溃后形成肠瘘，急性穿孔较少见。常发生在梗阻近段极度扩张的肠曲，严重者可因肠穿孔并发腹膜炎或感染性休克而致死。常见症状是腹痛、腹泻、肠鸣音消失，严重的还会出现腹膜刺激征，出现腹部压痛、反跳痛、腹肌紧张等。
3、结核性腹膜炎：结核杆菌在肠道多定居于黏膜腺体深部，引起局部炎症，再经巨噬细胞到达黏膜下层，使病变深化或在集合淋巴结内形成特异性病变。结核性腹膜炎不大可能是肠结核来源，但当肠结核致肠穿孔，可引起结核性腹膜炎。多数患者早期症状不明显，少数患者发病急骤，以急性腹痛和高烧为主。患者临床症状呈多样化特征，会有发热、盗汗、腹泻，或是腹泻与便秘交替出现。
