肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症，强调早期治疗，因为肠结核早期病变可逆。主要方法有药物治疗、对症治疗、手术治疗。

一、药物治疗

常用药物：异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素

一般采用两阶段用药方法

1、强化阶段治疗：根据病情轻重，此阶段治疗常每日给以三联或四联用药。

2、巩固阶段治疗：强化治疗后应继续用异烟肼和利福平巩固治疗。在应用抗结核药物期间，应注意肝功能损害、第VII对脑神经、球后视神经炎和皮疹等不良反应。

二、对症治疗

肠结核腹痛者可用抗胆碱能药物，如阿托品、颠茄，注意水、电解质及酸碱平衡紊乱。

肠结核有不完全性肠梗阻的患者，必要时胃肠减压以缓解症状。

三、手术治疗

1、切除病变肠段：肠结核患者需要根据病情而定，原则上应彻底切除病变肠段，再行肠道重建术，如回盲部或右半结肠切除术。

2、盲部切除术：增生型回盲部肠结核伴梗阻可行回盲部切除，如升结肠同时受侵犯，宜行右半结肠切除术，然后行回肠-横结肠或端侧吻合术。

3、回肠横结肠端侧吻合术：如回盲部病变炎症浸润广泛而固定无法切除，为解除梗阻，可先行末端回肠横结肠端侧吻合术，待3个月后再二期切除病变肠段，再行肠道重建术。