囟门闭合延迟多由疾病因素导致，但并不局限于某一系统的疾病。常见的疾病因素有神经系统疾病、内分泌系统疾病等。

一、疾病因素：

1、生长发育所需营养物质失衡：常见的有维生素D缺乏性佝偻病，6月龄以内婴儿的佝偻病活动期以颅骨改变为主，可引起钙、磷代谢异常，及全身骨质改变，额顶部出现对称性颅骨突出，导致前囟门过大，闭合延迟，这是囟门闭合延迟的最常见病因。

2、神经系统疾病：常见的有脑积水、慢性硬膜下血肿等。脑积水常见于先天畸形如先天性大脑导水管狭窄、第四脑室囊肿畸形、小脑扁桃体下疝畸形及其他脑发育畸形、感染、出血、肿瘤等，常导致患儿头部变大，引起囟门闭合延迟。慢性硬膜下血肿多来自于轻微的被忽视的头部外伤。

3、内分泌系统疾病：常见的有先天性甲状腺激素缺乏症、甲状腺发育不全或异位、呆小症等。患儿的母亲孕期缺碘，导致患儿出生后先天性甲状腺功能减退，出现生长停滞、发育落后、囟门延迟闭合的症状。

二、非疾病因素：

除疾病因素外，有些婴儿的母亲在孕期钙营养欠缺，导致婴儿出生时头颅骨钙化不足，出生时囟门过大。这些婴儿出生后尽管钙营养正常，但其囟门的闭合时间可能要比正常晚一些。