急性卡他性结膜炎一般具有自限性，即使不予治疗也可在10-14天痊愈，用药后可在1-3天恢复。
一、药物治疗
1、喹诺酮类滴眼液：如左氧氟沙星、环丙沙星、加替沙星等。但此类滴眼液不可长期使用，延长使用此类滴眼液可导致非敏感性微生物的过度生长。不良反应为轻微一过性局部刺激，如刺痛、痒、异物感，对喹诺酮类过敏患者禁用。
2、氨基糖苷类：如妥布霉素滴眼液。但是妥布霉素滴眼液具有耳毒性，长期使用会影响听神经，造成听力下降。此类药物偶尔可见局部刺激症状，如：眼睑灼痛或肿胀、结膜红斑等，罕见过敏反应。对氨基糖苷类抗生素过敏者禁用。
3、对伴有咽炎或急性化脓性中耳炎的患者和流感嗜血杆菌感染的儿童，应同时口服抗生素。
二、其它治疗
冲洗结膜囊：患者分泌物过多时可冲洗结膜囊。
急性卡他性结膜炎如果治疗及时，预后良好，多数经2星期左右可痊愈。若治疗不及时或不彻底，病情迁延可演变成慢性结膜炎。
