口腔黏膜受损因素众多，而且病因较为复杂，通常以全身因素作为重要的发病原因，包括免疫学异常、遗传因素、感染因素、内分泌紊乱、营养不良、消化系统疾病、精神紧张、过度劳累致免疫力下降等，具体如下。

1、感染因素

常见致病菌包括疱疹病毒、柯萨奇病毒、葡萄球菌、幽门螺杆菌、链球菌、念珠菌、乳头状瘤病毒等，可感染人体导致口腔黏膜出现异常。

2、免疫因素

体液免疫异常、自身免疫反应及细胞免疫异常等是高危因素，可导致免疫功能低下或免疫缺陷，进而诱发口腔黏膜疾病的发生。

3、遗传因素

部分疾病类型如复发性口腔溃疡、口腔扁平苔癣等存在家族聚集现象，提示可能有一定的遗传倾向。

4、内分泌因素

内分泌紊乱、激素水平不稳定者更容易患口腔黏膜疾病，而且临床可见部分女性患者在妊娠期间病情缓解，哺乳期后月经恢复时，病损复发。

5、环境因素

包括患者的心理环境、生活工作环境和社会环境等多种因素。此外，食物中缺乏铁、锌、硒等元素，或维生素B及叶酸等摄入不足也为危险因素。

6、其他因素

微循环障碍、系统疾病以及口腔局部刺激因素如外伤等也可能诱发口腔黏膜疾病，另外烧伤、烫伤、机械性外力等可导致口腔黏膜直接受损。