临床上吞咽困难是一组症状，病因较为复杂，主要包括疾病因素、药物因素、遗传因素、生活方式。

一、疾病因素

1、口咽、食管炎症：如咽炎、扁桃体炎、口咽损伤、咽白喉、咽喉结核、咽肿瘤、咽后壁脓肿等，导致管腔狭窄引起吞咽困难；胃食管反流病，由于胃酸的反流刺激致咽部异物感，引起吞咽困难。

2、口咽、食管肿物：包括舌癌、咽部肿瘤、食管良性肿瘤（如平滑肌瘤、脂肪瘤、血管瘤、息肉）、食管癌、食管异物等，因其占位，引起食管狭窄而吞咽困难；而食管良性狭窄也可直接引起吞咽困难。

3、口咽、食管外病变：纵隔肿物、甲状腺极度肿大、咽后壁肿块或脓肿、左心房肥大、主动脉瘤等从外压迫食管管腔，引起吞咽困难。

4、神经系统病变：包括帕金森病、重症肌无力、多发性肌炎、系统性硬化症、延髓麻痹等神经系统疾病，会导致咽、食管肌肉功能障碍，引起吞咽困难；而贲门失弛缓症、食管痉挛等，也可使食管平滑肌功能障碍，引起吞咽困难。

二、药物因素

部分药物可能引起吞咽困难，如有机磷农药中毒，可致咽、食管横纹肌功能障碍、肌肉麻痹，引起吞咽困难。

三、遗传因素

吞咽困难通常不会遗传，但部分疾病如食管癌、系统性硬化症等受遗传因素影响，其患病可能性高于其他人。

四、生活方式

粗糙、过烫食物及咀嚼槟榔或烟丝等习惯，造成对食管黏膜的慢性理化刺数，可致局限性或者弥漫性上皮增生，可能导致食管癌，引起吞咽困难。