获得耐药性指细菌DNA的改变致其获得了耐药性表型。耐药性细菌的耐药基因来源于基因突变或获得新基因，作用方式为接合转导或转化。影响细菌获得耐药性发生率的三个因素有药物使用的剂量、细菌耐药的自发突变率和耐药基因的转移状况。

一、染色体突变

所有的细菌群体都会经常发生自发的随机突变，只是频率很低，其中有些突变可赋予细菌耐药性。

二、可传递的药性

药基因能在质粒、转座子和整合子等可移动的遗传元件介导下进行转移并传播。

1、R质粒的转移：在革兰阳性和革兰阴性细菌中广泛存在耐药质粒，质粒介导的耐药性传播在临床上占有非常重要的地位。一种质粒可带数种耐药性基因群，通过细菌间接合转化作用而将耐药质粒转移到细菌群中。

2、转座子介导的耐药性：转座子又名跳跃基因，是比质粒更小的DNA片段，它可以在染色体中跳跃移动，实现细菌间的基因转移或交换，使结构基因的产物大量增加，使宿主细胞失去对抗菌药物的敏感性。

3、整合子：整合子是移动性DNA序列，它可捕获外源基因并使之转变为功能性基因的表达单位。整合子在细菌耐药性的传播和扩散中起到了至关重要的作用。在同一类整合子上可携带不同的耐药基因盒，同一个耐药基因又可出现在不同的整合子上。