因为多囊肾是一种遗传性疾病，研究显示多囊肾的主要遗传方式是常染色体显性遗传，所以无论生下的是男孩或者女孩，子女患多囊肾的几率都是50%。避免子女患多囊肾的方法，可以在受孕早期去做羊水穿刺检查，观察胚胎是否患多囊肾。
同时可以采取体外受精的方式，如试管婴儿，通过对胚胎早期进行甄别，将没有多囊肾基因的胚胎植入母体，可以避免多囊肾的母亲产下多囊肾的孩子。目前从总体上看，多囊肾的预后较差，绝大多数人群都会向慢性肾衰竭、尿毒症的方向发展。因此积极预防多囊肾的母亲遗传给子女多囊肾，可以采取早期基因检查或者试管胚胎甄别多囊肾的方式。
