临床上，经颅磁刺激仪的适应证比较广泛，对不少疾病都有一定的治疗效果，主要治疗以下的疾病：
1、脑血管病：在脑梗死、脑出血恢复期都可以应用，但在发生急性脑血管病时，尤其是发生急性脑出血时，经颅磁刺激仪禁止使用。在恢复期，患者症状缓解，逐渐好转过程当中，经颅磁刺激仪可作为一种辅助康复的治疗。通过产生兴奋性突触后电位，对于梗死或者脑出血遗留的语言障碍，以及认知能力的改善比较好，对于肢体活动的改善有限，但是也有一定的帮助；
2、心理疾病：对焦虑症、抑郁症，以及自闭症有一定的疗效，可以起到辅助治疗的作用。经颅磁刺激仪需要配合口服抗焦虑、抑郁的药物，以及心理疏导、心理治疗三管齐下，对于重度的焦虑、抑郁症有比较好的疗效；
3、其他类型的脑部器质性病变：比如脑瘫，缺血、缺氧性的脑病，以及代谢性脑病、认知障碍、神经变性病，也有一定的治疗作用。
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