肠道益生菌的主要作用是为胃肠道提供有益菌，重建肠道的正常菌群，在临床上以治疗腹泻为主。对于轻度便秘的病人也可以应用肠道益生菌，能够得到缓解的作用。
肠道菌群是有益菌和致病菌共生的状态，是动态的平衡状态。如果平衡状态被打破，有益菌减少、致病菌增多，临床上会出现菌群失调的表现，主要表现为腹痛、腹泻。
菌群失调是比例的改变，还是由于菌群一倍改变，甚至在有免疫力低下出现急性感染的状态，肠道菌群失调的临床表现会出现不同。
在临床中益生菌主要是治疗由于肠道菌失调，所出现的腹泻的症状，通过重建肠道菌群达到正常的菌群状态。可以为保护肠黏膜提供肠道有益的物质，像维生素、矿物质等。轻度便秘的病人可能会出现菌群的失调，出现粗纤维食物的减少，在补充肠道益生菌之后，可以治疗轻度便秘的病人。
