儿童反流性肾病的治疗最主要是制止尿液反流，控制感染，防止肾功能进一步损害。内科治疗方案主要让患儿白天多饮水，经常排尿，睡前习惯性两次排尿，以减轻膀胱内压力，不能有憋尿习惯，做好清洁卫生工作，保持尿道口清洁、勤换内裤、饮食合理、忌辛辣，预防和治疗便秘。此外，可长期使用小剂量抗生素如呋喃妥因、TNP等进行预防性治疗，每晚睡前一顿服用，减少尿道感染发生率，可能对膀胱输尿管反流存在一定效果。
外科治疗是指膀胱输尿管反流，部分可以微创手术，经内镜在膀胱输尿管开口黏膜下注入药物，还可以使用腹腔镜等治疗。神经源性膀胱引起的反流性肾病还要注意定期清洁导尿，反流性肾病定期检查尿常规、尿培养，及时发现和治疗尿路感染，还要定期查B超、肾功能、ECT等，以判断反流及肾功能变化情况。
