巧克力囊肿即巧克力卵巢囊肿。艾灸可以辅助改善巧克力卵巢囊肿出现的不良症状，但无法明确治疗巧克力卵巢囊肿的作用。巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，子宫内膜如果没有较好地待在子宫腔内，反而跑到卵巢附近，随着每一次的子宫内膜周期性脱落、出血，经过一定的时间，会在卵巢附近形成巧克力颜色的囊肿，因此得名巧克力卵巢囊肿。
巧克力卵巢囊肿容易造成渐进性的严重痛经，以及月经量过多、月经期延长等月经失调的状况。艾灸通过温经散寒、活血化瘀的功效，可以辅助改善月经失调的症状，但目前并没有证据显示，艾灸能够使巧克力卵巢囊肿缩小，甚至是消除，因此在巧克力卵巢囊肿的治疗中，艾灸谈不上能够治疗巧克力卵巢囊肿。
