巧克力囊肿主要应根据大小，选择治疗方法。若是较大的巧克力囊肿，需进行手术治疗。若巧克力囊肿较小，如2-3cm，可以暂时观察、无需手术。通常巧克力囊肿若无其他症状，无需进行药物治疗，观察即可。对于较小的巧克力囊肿，不建议进行手术，增大后可以考虑手术治疗。
巧克力囊肿的特点，即子宫内膜异位的特点，就是容易复发。做完手术后，部分患者可能在较短时间内，如1-2年内复发，甚至不到1年又会出现新问题。在临床上，复发问题的处理较为棘手。因此对于较小的巧克力囊肿，通常不考虑进行手术治疗。若囊肿较大应首选手术治疗，尽管术后可能复发，但也需进行手术。术后可以再继续使用药物，预防复发或延缓复发。
