如果患有前列腺炎，尤其是细菌性前列腺炎，最重要的治疗就是抗生素治疗。由于血-前列腺屏障的存在，所以抗生素的选择是治疗的关键。前列腺炎可分为急性前列腺炎和慢性前列腺炎，二者选择的抗生素不尽相同，具体不同分析如下：
1、慢性细菌性前列腺炎：应当选择脂溶性好、容易透过前列腺包膜、弱碱性且血浆结合蛋白少的抗生素，目前比较推荐的是喹诺酮类的药物，其他的还包括磺胺类、红霉素族以及大环内酯类的药物。通常用药周期是4-6周，并阶段性的进行药物疗效的评价；
2、急性前列腺炎：可以经验性的选择广谱抗生素，尽管此类抗生素多数情况下不是脂溶性，但是在急性炎症时，正常的血-前列腺屏障被破坏，药物浓度如果达到标准，也可以起到杀菌作用。通常在症状控制以后，为了避免其转变为慢性前列腺炎，通常需要继续口服抗生素，而口服抗生素，则按照慢性细菌性前列腺炎的抗生素选择标准进行选择，通常继续口服4-6周。
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