克罗恩病的鉴别诊断如下：
1、肠易激综合征：某些胃肠道症状在肠易激综合征和克罗恩病中均存在，如腹泻和腹痛。对此，诊断性评估可能包括回结肠镜检查、影像学检查和粪便标志物检查。
2、乳糖不耐受：对含乳糖食物（主要是乳制品）不耐受是一种常见疾病，且最初诊断常与克罗恩病混淆。乳糖不耐受的临床症状包括摄入奶或含奶制品后出现腹泻、腹痛和肠胃气胀。
3、感染性结肠炎：对于因腹泻（尤其是因急性症状）而就诊的感染性结肠炎患者，粪便检测显示有传染性病原体。组织活检未显示克罗恩病的典型组织学特征。
4、溃疡性结肠炎：具有一些结肠炎的特征，包括左侧腹痛和血性腹泻。结肠镜检查可区分大多数克罗恩病与溃疡性结肠炎。溃疡性结肠炎总是会累及直肠，且相对于克罗恩病为间断性病变，溃疡性结肠炎是连续性病变。
