频繁发作的偏头痛或者可能导致永久性神经功能缺损的特殊病理性偏头痛，可以使用预防性用药。
预防性用药首选的是抗抑郁药，如三环类抗抑郁药中的阿米替林是首选的，其它的如5-羟色胺再摄取抑制剂，包括氟西汀、度洛西汀和文拉法辛也可以作为偏头痛的预防性用药。
还可以选用β-肾上腺素能受体阻滞剂如普萘洛尔，钙离子拮抗剂如氟桂利嗪、维拉帕米等都可以选用。抗癫痫药如丙戊酸钠、托吡酯、加巴喷丁等，也可以作为偏头疼的预防性用药，目前还有降钙素相关基因肽的治疗。