肺炎疫苗的副作用轻重是因人而异的。接种疫苗以后，少数人可能会出现注射部位疼痛、红肿等轻微的反应。当然大概也有1%的接种者会出现发热，但是体温不会超过38.5℃，属于低热，类似于上呼吸道感染的症状。
还有的患者会出现肌肉疼痛和严重的局部反应，皮下红肿等，但是这种局部反应在2-3天内会自行消失。最严重的副作用当然属于过敏性休克，但是目前比较少见。
还有一部分人，原本患有血小板疾病的人，接种了肺炎疫苗以后可能会出现过敏性紫癜等现象。肺炎疫苗副作用比较多，所以注射肺炎疫苗后应在注射区休息半小时观察。