遗精后小便刺痛，患者可以口服药物治疗，如磷霉素氨丁三醇散、左氧氟沙星片、盐酸多西环素胶囊、盐酸米诺环素胶囊。序贯治疗一段时间后，病人小便刺痛症状会明显好转。
遗精后小便刺痛，常常提示精液里有病原微生物感染，由于精液内有病原微生物感染引起尿道黏膜破损，会导致小便出现刺痛症状。通过精液细菌、支原体、衣原体培养，常常能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素，规范的治疗一段时间后，多数病人尿培养出现阴性情况，病人上述症状会明显好转。