便秘从病因上可分为器质性和功能性两类。器质性便秘从以下这几个方面可以反映：
第一、肠管性的病变，如肿瘤、炎症、肠腔的狭窄、梗阻。
第二、直肠肛门病变等。
第三、内分泌，还有一些的代谢性的疾病，比如甲状腺功能低下、糖尿病。
第四、系统性的病变，如硬皮病、红斑狼疮。
第五、神经系统，中枢脑病患者、脑卒中、多发性硬化、脊髓损伤以及周围神经病变等。
第六、肠管平滑肌神经源性病变，再有就是结肠神经肌肉病变、假性肠梗阻、先天性巨结肠、巨直肠等。
第七、心理因素、药物因素。
功能性便秘的病因目前还不是十分明确，它的发生因素主要与进食的多少、进食的食物、纤维素多少和水分多少有关系，这些食物对结肠运动的刺激减少导致。功能性便秘因为工作紧张、生活节奏的问题、工作性质与时间的变化，干扰正常的排便习惯，结肠运动功能紊乱所致，常见的肠易激综合征。腹肌和盆腔、盆腔肌张力不足也会引起便秘。滥用药物、年老体弱、活动少、肠痉挛等这些原因引起的便秘。