霉菌引起的原因大多是内源性感染，霉菌又称为假丝酵母菌，属于一种机会致病菌，大概在10%-20%非孕妇女，以及30%孕妇阴道里面都有假丝酵母菌寄生。在某些条件下面，当宿主全身以及阴道局部免疫力下降时，假丝酵母菌就会大量繁殖，从而引起霉菌感染，导致霉菌性阴道炎症状。
霉菌感染也可以通过性交直接传播，少部分患者还可以通过接触感染衣物间接传染，但霉菌主要传播途径还是内源性感染。引起霉菌有一些常见发病诱因，比如长期应用广谱抗生素、妊娠、糖尿病、大量应用免疫抑制剂，以及接受大量雌激素治疗等，穿紧身化纤内裤以及肥胖，使外阴局部温度或湿度增加，也是霉菌发病的影响因素。