卵巢囊肿腹腔镜手术的住院时间在3-5天，卵巢囊肿进行腹腔镜手术的情况，一般是由于卵巢有大于5cm的囊肿，或者是子宫内膜异位囊肿，也就是常说的卵巢的巧克力囊肿，都可以进行腹腔镜下的微创手术。腹腔镜下的手术一般是进行卵巢囊肿的剥除手术，在术中如果没有造成手术的并发症或者邻近脏器的损伤等，术后在3-5天可以出院。
当然还要看手术是否顺利，由于盆腔内的严重粘连，有可能在腹腔镜手术中造成肠道、膀胱以及周围脏器的损伤，如果术中形成了周围脏器的损伤，或者是术后由于继发感染等原因造成了并发症，住院的时间会相应延长。
另外，在腹腔镜手术过程中发现卵巢囊肿有恶性的情况，经过病理诊断判断是卵巢恶性肿瘤，手术的范围就要扩大，同时在术后需要进行进一步的化疗或者是放疗，住院时间就会更长。