慢性尿道炎原因包括尿道炎治疗不及时、自身免疫力低下、尿路复杂、慢性肾实质性疾病、邻近器官炎症等，具体如下：
1、急性尿道炎治疗不及时：治疗不及时或者未完全治愈，导致病情迁延，尤其是感染了淋球菌、沙眼衣原体，或解脲支原体的尿道炎病人，因症状不典型、起病方式隐匿，容易出现慢性尿道炎。
2、自身免疫力低下：免疫力低下的病人对致病菌易感，尤其有不洁性生活史的病人。
3、尿路复杂：如前列腺增生，泌尿系统的肿瘤、结石，尿道狭窄、肾盂畸形、多囊肾、肾发育不良、膀胱输尿管反流等结构和功能的异常。4、慢性肾实质性疾病：如慢性肾小球肾炎、肾病综合征等。
5、邻近器官炎症：邻近器官慢性炎症波及到尿道，如前列腺炎、阴道炎、宫颈炎等。