新生儿黄疸值高的危害是引起脑损伤，可以引起胆红素脑病。当血清中的胆红素与非结合胆红素增高的时候，这时胆红素很容易通过血-脑屏障，造成中枢神经系统功能障碍。如不经过治疗干预，可以造成永久性损害，主要表现为早期的时候新生儿嗜睡、反应低下、吸吮无力、拥抱反射减弱、肌张力减低，有时候会出现尖叫。如果到了第二期，也就是痉挛期，新生儿会表现为角弓反张，甚至出现呼吸暂停和肌张力的增高。
到第三期的时候，新生儿往往反应逐渐好转，吃奶量增多，角弓反张逐渐消失。但是到第四期也就是会出现后遗症期，最早在18个月之后出现，最晚也可能在8-9岁后出现，可以表现为手足徐动，出现不自主的运动，以及眼球运动障碍、听力障碍等。