非淋菌性前列腺炎指不是由淋病双球菌所导致的细菌性前列腺炎，治疗上分为急性和慢性两种，急性推荐开始时使用静脉的抗生素治疗，例如三代头孢菌素，头孢曲松、头孢噻肟钠等，也可以使用氨基糖苷类，比如依替米星，或者氟喹诺酮类，比如左氧氟沙星、莫西沙星等等。待患者的急性征状改善以后，再改为口服药物来进行治疗。症状较轻的患者，至少使用抗生素2-4周，症状较重者可以适当的延长疗程。
对于慢性的前列腺炎，治疗药物通常要根据其穿透前列腺能力，以及离子化程度、脂溶性、蛋白结合率、相对分子量，还有分子结构来进行选择，推荐使用氟喹诺酮类，比如环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、西他沙星等。大环内酯类，比如阿奇霉素、克拉霉素、罗红霉素。四环素类，比如米诺环素、多西环素以及磺胺类药物，慢性的非淋菌前列腺炎推荐抗生素治疗疗程为4-6周。